Когда я ещё под 1.х мапил у меня тоже проблемы были такого плана, типа хаммер что-то сохраняет, но в итоге - пустота. Так у меня в батнике перед каждой компиляцией карта бэкапилась. Не геморно, правда вручную потом вычищал кучу архивчиков, но всё же...