Мой совет: забей на ResGen! Разве так сложно самому прописать пути к нужным ресурсам? Да это же раз плюнуть, даже если у тебя их 10+!
Открываешь блокнот, вписываешь пути и сохраняешь под именем карты с разширением res.
Сами пути выглядят подобным образом:
mydamnmap.wad
sound/mortarhit.wav
sprites/muzzleflash1.spr
models/mydamnmodel1.mdl
gfx/env/mydamnskybk.tga
gfx/env/mydamnskyrt.tga
gfx/env/mydamnskydn.tga
gfx/env/mydamnskyft.tga
gfx/env/mydamnskyup.tga
gfx/env/mydamnskylf.tga
То есть, свои звуки должны располагаться в папке со звуками, спрайты - со спрайтами, модели - с моделями. Ты ведь знаешь какие ресурсы ты использовал? ИЛИ НЕТ?

Вот и кладёшь всё по местам. Картинки неба в папке gfx/env должны быть, а текстуры - в корневом каталоге игры.
Открой блокнотом res-файлы карт, которые у тебя есть и посмотри.
Кстати, правильнее будет уникальные ресурсы класть в подкаталог ресурсных папок (sound, sprites, models) с таким-же названием, как и карты. Например, если твоя карта называется mydamnmap.bsp, то звуки лучше положить так:
sound/mydamnmap/snd1.wav
sound/mydamnmap/scream3.wav и т.д.
То же самое с моделями и спрайтами, но не с картинками неба и текстурами, они - всегда на своём месте. Это как бы "хороший тон", поскольку избегается путаница и исключается возможность совпадения имён.
Только если ты теперь решил перерасположить свои ресурсы по-другому, не забудь в самой карте поменять пути.
Вывод: всё это очень просто делается. Если ты умеешь создавать необходимые ресурсы для своей карты, да и маппить в целом, то какие могут быть проблемы с созданием ресурсного файла?