Ну правильно, drawTransparentEnts = pass == 1; Нулевой проход рисует непрозрачные энтити, а первый - прозрачные.
И буффер там не обновляется вообще никогда.
Заливай матрицы костей через юниформы в шейдер и трансформируй вертексы. Я ж тебе сразу сказал - бери ксаш-мод и смотри как устроено там.А как анимация будет работать если они останутся неподвижными
Тебе надо создавать этот буффер для дефолтного положения вертексов, впрочем ещё раз говорю - кури исходники ксаш-мода, там всё это есть.тут такая штука, что из TRIANGLES STRIP/FAN, конвертит в GL_TRIANGLES, что бы потом целиком рисовать модель.
И буффер там не обновляется вообще никогда.